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iOS 10.3.1 正式版更新之後，用戶有一段時間仍然可以降級到 iOS 10.2.1，由於涉及 APFS 檔案系統，蘋果為了防止因降級出現系統問題，蘋果終於要做這個動作了。
就在 iOS 10.3.2 beta 2 推出的同時，蘋果關閉了 iOS 10.2.1 和 iOS 10.3 的簽名認證，換言之用戶只能通過 iTunes 或 OTA 把 iOS 裝置升級到最新的 iOS 10.3.1。iOS 10.3 帶來了全新的 APFS 檔案系統取代老舊的 HFS+，新型檔案管理系統能省出額外的儲存空間以及為系統進行全面加密，效能亦有所提升，在 iOS 10.3 beta 開始開發者們已經知道回到 iOS 10.2.1 是沒有可能的事。
另一方面 iOS 10.3.1 更新涉及了一個系統保安漏洞，也促使蘋果盡快關閉 iOS 10.3 的簽名認證。
